Tytuł projektu: Opracowanie technologii BioForte służącej do określania metodą „in silico” kompozycji szczepów bakteryjnych, będących kandydatami do stworzenia probiotyków nowej generacji.

Nr umowy: POIR.01.01.01-00-0347/17-01

Dofinansowanie w ramach: Osi Priorytetowej 1 – Wsparcie prowadzenia prac B+R przez przedsiębiorstwa, Działania 1.1 – Projekty B+R przedsiębiorstw, Poddziałania 1.1.1 – Badania
przemysłowe i prace rozwojowe realizowane przez przedsiębiorstwa, Programu Operacyjnego Inteligentny Rozwój

Okres realizacji: 01.10.2017 r. – 30.06.2022 r.

Immunoterapia uważana jest za najbardziej obiecującą, nową metodę leczenia nowotworów. Pomimo znaczących efektów terapeutycznych istotna część pacjentów nie odpowiada na tę formę leczenia. Najnowsze badania naukowe wskazują na wpływ składu mikrobiomu w przewodzie pokarmowym pacjenta na wynik działania immunoterapii.

Celem Projektu jest stworzenie przełomowej technologii BioForte, która pozwoli na określanie metodą in silico składów bakteryjnych będących kandydatami probiotyków nowej generacji, które upodobnią mikroflorę jelitową pacjentów nieodpowiadających na wybrane immunoterapie do mikroflory typowej dla pacjentów, u których terapie te przyniosły korzyść. O nowatorskim podejściu do tworzenia technologii BioForte świadczy wykorzystanie metod komputerowych, w szczególności uczenia maszynowego, w celu zastąpienia laboratoryjnej procedury wyszukiwania nowych szczepów probiotycznych.

Technologia BioForte złożona będzie z trzech komponentów. Pierwszym z nich będzie bioinformatyczny silnik selekcji szczepów bakteryjnych, w efekcie którego wyselekcjonowane będą kluczowe szczepy bakteryjne charakteryzujące mikroflorę pacjentów, u których immunoterapia onkologiczna się powiodła. Aby tak wyselekcjonowane szczepy weszły w skład probiotyku nowej generacji muszą posiadać cechy probiotyczne. Drugi komponent BioForte, model przewidujący probiotyczność, pozwoli przeprowadzić tę analizę w trybie in silico eliminując procedury laboratoryjne. Końcowym elementem nowego procesu będzie optymalizator in silico koktajlu bakteryjnego. Pozwoli on ustalić zbliżone do wyselekcjonowanych, dobrze zbadane szczepy w celu zarówno ułatwienia późniejszej izolacji, jak i substytucji na inne cechujące się probiotycznością, gdy wybranym szczepom brakować będzie pożądanych cech.

Efektem tej procedury będzie uzyskanie listy szczepów, które zarówno cechują się elementami genomu typowymi dla bakterii mikroflory pacjentów odpowiadających na terapię, jak i możliwością użycia w preparacie probiotycznym.

Wartość projektu: 6 639 475,90 zł
Wartość dofinansowania dla ARDIGEN S.A.: 4 575 779,59 zł

Tytuł projektu: Mapa Mikrobiomu Polski

Nr umowy: POIR.04.01.02-00-0025/17-04

Dofinansowanie w ramach: Osi Priorytetowej 4 – Zwiększenie potencjału naukowo-badawczego, Działania 4.1 – Badania naukowe i prace rozwojowe, Poddziałania 4.1.2 – Regionalne agendy
naukowo-badawcze, Programu Operacyjnego Inteligentny Rozwój

Okres realizacji: 01.01.2018 r. – 28.02.2022 r.

Pomimo rosnącej na świecie świadomości o powiązaniu składu mikrobiomu jelit z różnego typu chorobami, w Polsce nie istnieje zbiór informacji o referencyjnych mikrobiomach. Powstanie tego typu zbioru umożliwi prowadzenie w Polsce badań w zakresie powiązania komponentów flory bakteryjnej jelit ze stylem życia, poszczególnymi chorobami czy odpowiedzią pacjenta na stosowaną terapię. Biorąc za przykład takie kraje jak Stany Zjednoczone, proponujemy stworzenie unikatowego przetworzonego zbioru informacji naukowych, opisującego zmienność mikrobiomów mieszkańców Polski (Mapa Mikrobiomu Polski) poprzez dostarczenie solidnych danych, opisujących zmienność mikrobiomów jelit w obrębie populacji Polski.

Ponadto dzięki zdefiniowaniu Protokołu Pozyskiwania Danych, badania prowadzone przez użytkowników MMP będą porównywalne z informacjami zgromadzonymi w MMP.

Rezultatem projektu będzie narzędzie dla wszystkich pól nauk przyrodniczych, zwłaszcza takich dyscyplin jak genetyka, medycyna, farmakologia, biochemia i bioinformatyka.

Wartość projektu: 6 330 702,84 zł
Wartość dofinansowania: 5 594 334,98 zł
Wartość dofinansowania dla ARDIGEN S.A.: 2 091 502,24 zł

Tytuł projektu: HiScAI – Opracowanie platformy badań fenotypowych, opartej na technologii high-content screening (HCS), z analizą za pomocą algorytmów sztucznej inteligencji w celu odkrywania nowych leków w chorobach neurozapalnych i zwłóknieniowych.

Nr Umowy: POIR.01.01.01-00-0878/19-00

Dofinansowanie w ramach: Osi Priorytetowej 1 – Wsparcie prowadzenia prac B+R przez przedsiębiorstwa, Działania 1.1 – Projekty B+R przedsiębiorstw, Poddziałania 1.1.1 – Badania przemysłowe i prace rozwojowe realizowane przez przedsiębiorstwa, Programu Operacyjnego Inteligentny Rozwój

Okres realizacji: 01.04.2020 r. – 31.03.2023 r.

W wyniku realizacji projektu, stworzona zostanie platforma technologiczna HiScAI dedykowana badaniom zmian fenotypowych w komórkach jako reakcji na związek będący kandydatem na lek. Istotnym elementem platformy będą zastosowane metody analizy danych z HCS oraz algorytmy uczenia maszynowego.

Opracowana technologia zostanie wykorzystana do badań nad lekami w wielu wskazaniach terapeutycznych, m.in. w chorobach o podłożu neurozapalnym, chorobach zwłóknieniowych, a także w innych obszarach terapeutycznych, w których brakuje skutecznych metod leczenia.

Pierwszy partner: Selvita S.A. będzie odpowiedzialna za opracowanie zestawów testów komórkowych zdolnych do generowania obrazów do analizy systemu sztucznej inteligencji. Badania fenotypowe na komórkach będą przeprowadzane przy wykorzystaniu technologii HCS.

Ardigen natomiast, w ramach tego projektu opracuje zaawansowaną platformę opartą o metody wizji komputerowej (computer vision), która umożliwi szybkie i precyzyjne analizowanie obrazów otrzymanych z platformy HCS.

Każdy z ww. elementów sam w sobie stanowi istotny element nowoczesnego procesu odkrywania nowych leków, natomiast ich połączenie w sposób unikatowy umożliwi znaczne usprawnienie tego procesu oraz zwiększy szanse na skuteczną identyfikację cząsteczek wiodących o dużym potencjale terapeutycznym. Według European Pharmaceutical Review takie podejście do procesu opracowania nowych leków powinno doprowadzić do szybszego przejścia do etapu badań klinicznych oraz zwiększyć prawdopodobieństwo wprowadzenia danego leku na rynek.

Rozwój platformy wzbogaci ofertę technologiczną Selvity i Ardigen skierowaną do firm farmaceutycznych i biotechnologicznych, które dzięki rozwiązaniom opartym na sztucznej inteligencji planują przyspieszyć swoje badania w zakresie odkrywania leków.

Wartość projektu: 8 250 653,75 zł
Wartość dofinansowania: 4 869 575,56 zł
Wartość dofinansowania dla ARDIGEN S.A.: 1 564 375,00 zł

Tytuł projektu: Wykorzystanie potencjału mikrobiomu środowiskowego w kryminalistyce.

Nr Umowy: DOB-BIO10/03/01/2019

Dofinansowanie w ramach: konkursu Nr 10/2019 na wykonanie i finansowanie Projektów w zakresie badań naukowych lub prac rozwojowych na rzecz obronności i bezpieczeństwa państwa

Okres realizacji: 25.11.2019 r. – 24.11.2022 r.

Rozwój wysokoprzepustowych technik analizy sekwencji DNA umożliwił szybki postęp w badaniach nad mikrobiomem i jego znaczeniem dla prawidłowego funkcjonowania poszczególnych organizmów jak i całych ekosystemów. Ze wstępnych doniesień wynika m.in., że jakościowy i ilościowy skład taksonomiczny mikroorganizmów może być specyficzny dla różnych obszarów geograficznych, a także poszczególnych typów środowiska. Posiadanie informacji, które uprawdopodobniły by miejsce przebywania potencjalnych podejrzanych w czasie popełnienia przestępstwa może w istotny sposób ukierunkować, a tym samym przyspieszyć śledztwo w wielu sprawach kryminalnych, co przyczyni się do wzrostu bezpieczeństwa społeczeństwa. W związku z powyższym, badanie zawartości mikrobiomu w śladach środowiskowych, np. glebie może powiązać podejrzanego z  miejscem popełnienia przestępstwa.

Badania przeprowadzone w ramach projektu powinny pozwolić na opracowanie mapy mikrobiomu w naszym obszarze geograficznym. Powinny na niej znajdować się obszary reprezentujące różne ekosystemy, zarówno pod względem urbanizacji (duże miasta, tereny o mniejszym zaludnieniu) jak i otoczenia naturalnego, gdyż ma to wpływ na występowanie charakterystycznych mikroorganizmów. Wykonawca powinien uwzględnić także specyfikę mikrobiomu różnych środowisk i powierzchni, jak gleba, akweny, tereny zalesione, tereny miejskie, czy też powierzchnie w obiektach komunikacji zbiorowej (stacje kolejowe, stacje metra, lotniska).

Końcowym produktem projektu powinien być kompletny system składający się z bazy danych zawierającej geograficznie-specyficzny skład taksonów mikrobiomu, panelu genetycznego zawierającego wyselekcjonowane wysoce informatywne sekwencje genomu i algorytmu matematycznego do wyodrębniania charakterystycznych dla różnych lokalizacji wzorów mikrobiomu. Cała procedura badawcza powinna zostać opisana w dokumencie umożliwiającym przeprowadzanie analizy począwszy od zabezpieczenia próbki badawczej, poprzez jej techniczną analizę, a skończywszy na interpretacji danych przy wykorzystaniu mapy mikrobiomu opracowanej w ramach realizacji projektu.

Wartość projektu: 11 210 835,00 zł
Wartość dofinansowania ARDIGEN S.A.: 1 869 600,00 zł

Tytuł projektu: Stworzenie INNOWACYJNEJ, opartej na sztucznej inteligencji TECHNOLOGII TCRact w celu wprowadzenia na rynek NOWEJ USŁUGI polegającej na projektowaniu IN SILICO receptorów limfocytów T (TCR) do wykorzystania w immunoterapiach nowotworów.

Nr umowy: POIR.01.01.01-00-0019/20-00

Dofinansowanie w ramach: Osi Priorytetowej 1 – Wsparcie prowadzenia prac B+R przez przedsiębiorstwa, Działania 1.1 – Projekty B+R przedsiębiorstw, Poddziałania 1.1.1 – Badania przemysłowe i prace rozwojowe realizowane przez przedsiębiorstwa, Programu Operacyjnego Inteligentny Rozwój

Okres realizacji: 01.08.2020 r. – 31.07.2023 r.

Celem projektu jest stworzenie INNOWACYJNEJ, opartej na sztucznej inteligencji TECHNOLOGII TCRact. Pozwoli ona na przewidywanie i optymalizację TCRów rozpoznających specyficznie antygeny nowotworowe związane z HLA (Human Leukocyte Antigen).

Technologia będzie oparta o metody bioinformatyczne (w tym strukturalne) oraz metody sztucznej inteligencji (w tym modele predykcyjne, generatywne i optymalizacyjne).

W ramach projektu stworzona zostanie baza danych niezbędna do ich wytworzenia technologii, a także przeprowadzone zostaną rundy ewaluacyjne z uwzględnieniem eksperymentów IN VITRO w celu optymalizacji całej technologii.

Ardigen zintegruje olbrzymi nakład prac laboratoryjnych, a są niezbędne do rozwinięcia nowej terapii komórkowej opartej o modyfikowane TCRy:
– poszukiwania odpowiedniego TCRu wiążącego antygen nowotworowy związany z HLA (pHLA);
– optymalizacji siły wiązania TCR z pHLA;
– testowania potencjalnej toksyczności TCRów (wiązania antygenów własnych w zdrowych tkankach).

Docelowy klient usługi, który rozwijający terapię komórkową, otrzyma od Ardigen listę sekwencji TCR zwalidowanych pod kątem wiązania celu (pHLA) oraz braku toksyczności na liniach komórkowych.

Wartość projektu: 20 181 114,38 zł
Wartość dofinansowania dla ARDIGEN S.A.: 11 701 901,06 zł

Tytuł projektu: Opracowanie technologii Microbiome Biomarker Discovery Platform pozwalającej odkrywać metodami sztucznej inteligencji kandydatów na biomarkery predykcyjne pochodzenia MIKROBIOMOWEGO do przewidywania skuteczności terapii onkologicznych w szczególności ICT (a-PD-1, CTLA-4) oraz chemioterapii

Nr umowy: POIR.01.01.01-00-0021/21-00

Dofinansowanie w ramach: Osi Priorytetowej 1 – Wsparcie prowadzenia prac B+R przez przedsiębiorstwa, Działania 1.1 – Projekty B+R przedsiębiorstw, Poddziałania 1.1.1 – Badania przemysłowe i prace rozwojowe realizowane przez przedsiębiorstwa, Programu Operacyjnego Inteligentny Rozwój

Okres realizacji: 01.07.2021 r. – 31.12.2023 r.

Celem projektu jest stworzenie oraz wdrożenie jako usługi w działalność Ardigen, przełomowej TECHNOLOGII Microbiome Biomarker Discovery Platform (MBDP). Pozwoli ona na odkrywanie metodami AI kandydatów na MIKROBIOMOWE biomarkery predykcyjne skuteczności terapii onkologicznych, w szczególności ICT i chemioterapii. MBDP będzie uniwersalna względem typów nowotworów i strategii terapii, a indywidualne zaburzenia mikroflory jelitowej nie będą utrudniać odkrywania kandydatów na biomarkery.

Wartość projektu: 9 891 232,50 zł
Wartość dofinansowania dla ARDIGEN S.A.: 6 025 419,26 zł

Mapa Mikrobiomu Polski

Zapraszamy do nadsyłania ofert zakupu praw lub nabycia wyłącznej licencji do korzystania w działalności gospodarczej z wyników prac B+R projektu Mapa Mikrobiomu Polski.

Więcej szczegółów i formularz do złożenia oferty znajduje się pod adresem:
https://portal.ichb.pl/komercjalizacja/